Postdoctorant en écologie, je m’intéresse aux impacts de la gestion forestière sur la biodiversité, que j’étudie à travers des approches de biologie moléculaire (ADN environnemental) et des analyses écologiques. Mon travail s’effectue du terrain au laboratoire, jusqu’à l’analyse et la modélisation des données récoltées.
Postes et stages
- 04/2025-Présent : Postdoctorat au sein de l’unité Écologie des Forêts Méditerranéenne.
- 09/2023 – 08-2024 : ATER au sein de l’Université d’Orléans.
- 10/2020 – 04/2024 : Doctorat au sein de l’Unité de Recherche en Zoologie Forestière de l’INRAe d’Orléans.
- 01/2020-06/2020 : Stage Master 2 au sein du laboratoire microorganismes des environnements extrêmes (IFREMER, Plouzané) : « Etude de la diversité phylogénétique et fonctionnelle du phylum Bathyarchaeota dans les sédiments marins profonds par une approche de métagénomique »
- 05/2019-07/2019 : Stage Master 1 au sein du CHU Gabriel Montpied (Clermont-ferrand): « Recensement des chaînes d’interactions protéiques chez Homo sapiens pour l’investigation des maladies multifactorielles »
- 02/2018-06/2018 : Stage volontaire au sein du laboratoire microorganismes, génome et environnement (Clermont-Ferrand) : « Etude des interactions pesticides et parasite sue le microbiote intestinal des abeilles ».
Formations
- 04/2024 : Docteur en écologie : « Approches génomiques pour la biodétection d’insectes invasifs forestiers » Sous la direction de Géraldine ROUX et Carlos LOPEZ-VAAMONDE, Université d’Orléans.
- 07/2020 : Master en bioinformatique, parcours « Analyse et modélisation des données biologique » à Université Clermont-Auvergne.
- 07/2018 : Licence en biologie, parcours « biologie des organismes et des populations dans les écosystèmes » à l’Université Clermont Auvergne.
- 07/2014 : Baccalauréat Série S. Lycée du Castella à Pamiers (09)
Travaux de recherche
Résumé de mon postdoctorat : « Réponse de la diversité d'insectes et de champignons à l'historique de gestion forestière : comparaison de données issues d'approches classiques et d’approches basées sur l'ADN environnemental » : Face aux enjeux majeurs de caractérisation et de quantification de la biodiversité liés aux impacts du changement global dans les écosystèmes, ce projet de post-doctorat vise à estimer l’impact du niveau de gestion des écosystèmes forestiers sur la diversité de leur biocénose. Le sujet testera si deux taxons bioindicateurs de diversité forestière, les insectes et les champignons, présentent des modèles de diversité taxonomique, fonctionnelle et phylogénétique similaires dans des hêtraies-sapinières anciennes (dont la présence est attestée de façon continue depuis au moins 1860) présentant un degré croissant d’anthropisation : sans trace d’exploitation (>100 ans), avec traces d’exploitation ancienne (>50 ans), en cours d’exploitation. Dans le cadre conceptuel qu’une augmentation de la biodiversité dans les forêts vers le plus bas degré d’anthropisation peut limiter les déclins de fonctionnement liés aux fluctuations environnementales, nous visons la production et la comparaison d’indicateurs de diversité pour deux groupes écologiques clés estimés par des méthodes classiques d’inventaires (échantillonnage et identification des espèces par expertise naturaliste) et des méthodes innovantes basées sur le métabarcoding et l’ADN environnemental. Les résultats du projet pourront contribuer à de futurs indicateurs multifactoriels de biodiversité forestière pour des groupes d’organismes associés à multiples services écosystémiques ; un enjeu de conservation qui n’a jamais été aussi fort depuis ces dernières décennies.
Résumé de ma thèse « Approches génomiques pour la biodétection d’insectes invasifs forestiers » : Les invasions biologiques, en particulier celles d'insectes xylophages comme les cérambycidés, sont en constante augmentation, principalement en raison du changement climatique et de l’intensification des échanges commerciaux. Ces insectes, transportés principalement par le commerce international du bois, s'établissent dans de nouveaux écosystèmes dans lesquels ils n'ont pas forcément d’ennemis naturels. Une fois établis, ils peuvent causer des dégâts considérables aux forêts et aux zones urbanisées, menaçant ainsi la biodiversité, l'économie et la santé des écosystèmes. Ces invasions nécessitent donc une surveillance et une gestion rigoureuses pour prévenir et atténuer leurs impacts dévastateurs. Dans ce contexte, cette thèse a pour objectifs principaux : (i) évaluer l’efficacité du métabarcoding, une méthode permettant d’identifier simultanément et rapidement plusieurs espèces d’insectes collectées dans un même piège, en utilisant le séquenceur MinION d’Oxford Nanopore®. Ce séquenceur présente l’avantage d’être portatif et peu couteux, le rendant ainsi plus accessible que les technologies concurrentes. (ii) Créer une librairie de référence de codes-barres moléculaires pour les cérambycidés capturés en Europe afin de fournir à la communauté scientifique une base de données pour effectuer des analyses fiables d’identification basées sur l’ADN. (iii) Étudier la structure génétique des populations invasives d’une espèce exotique introduit dans le bassin méditerranéen (Xylotrechus stebbingi) afin de mieux comprendre sa dynamique d’invasion de cet insecte originaire d’Asie. Concernant le premier objectif de cette thèse, nos résultats ont montré que le séquenceur MinION d’Oxford Nanopore® était performant pour la détection et l'identification rapide d'espèces invasives, par comparaison aux technologies de séquençage Illumina® et IonTorrent. Nos résultats montrent également que la méthode de piégeage et de préservation des échantillons dans les pièges est un prérequis essentiel qui conditionne la détection fiable des espèces présentes dans les échantillons. En ce qui concerne le deuxième chapitre, nous avons pu assembler 2,928 séquences de codes-barres ADN pour 147 espèces de cérambycidés, soit plus de 79% des 185 espèces capturées en Europe à l’aide de pièges multi-phéromonaux. Cette nouvelle base de données pourrait être utilisée pour identifier avec précision le contenu des pièges multi-phéromonaux déployés en Europe lors d'analyses de codes-barres ou de métabarcodes. Enfin, dans le troisième chapitre de cette thèse, nous avons mis en évidence que l’invasion du xylophage Xylotrechus stebbingi dans le bassin méditerranéen résultait d’une série d’introductions multiples, probablement en lien avec les échanges commerciaux maritimes plutôt qu’à une unique introduction qui se serait propagée au fil du temps. Ces résultats impliquent que cette espèce, hautement polyphage et à fort potentiel invasif, risque d’envahir de nouvelles régions du monde (en dehors du bassin méditerranéen) dans les prochaines années via le transport maritime. Par conséquent, il est nécessaire de rester vigilant dans les zones portuaires afin de limiter au maximum la propagation de cet insecte.
Publications
- Veillat, L., Boyer, S., Querejeta, M., Magnoux, E., Roques, A., Lopez-Vaamonde, C., & Roux, G. (2024). Benchmarking three DNA metabarcoding technologies for efficient detection of non-native cerambycid beetles in trapping collections. NeoBiota, 96, 237–259. https://doi.org/10.3897/neobiota.96.130195
- Veillat L, Cocquempot C, Streito J-C, Pierre E, Genson G, Rasplus J-Y, Cruaud A, Roux G, Lopez-Vaamonde C. Etablishment of a molecular Barcode Database for Cerambycids Captured with Multipheromone Traps in Europe (in prep).
- Veillat L, Cocquempot C, Gauthier J, Roques A, Lopez-Vaamonde C, Roux G. Population genetic structure of Xylotrechus stebbingi along the north Mediterranean basin (in prep).
- Roques, A., Ren, L., Rassati, D., Shi, J., Akulov, E., Audsley, N., Auger-Rozenberg, M.-A., Avtzis, D., Battisti, A., Bellanger, R., Bernard, A., Bernadinelli, I., Branco, M., Cavaletto, G., Cocquempot, C., Contarini, M., Courtial, B., Courtin, C., Denux, O., …Veillat, L., Millar, J. G. (2023). Worldwide tests of generic attractants, a promising tool for early detection of non-native cerambycid species. NeoBiota, 84, 169–209. https://doi.org/10.3897/neobiota.84.91096.
- Blot, N., Veillat, L., Rouzé, R., & Delatte, H. (2019). Glyphosate, but not its metabolite AMPA, alters the honeybee gut microbiota. PLOS ONE, 14(4), e0215466. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0215466.
Enseignements et Encadrements
UNIVERSITE D’ORLEANS
- Génétique des populations naturelles (Licence 3 – 21h TP).
- Biologie évolutive et génétique des populations (Master 1 – 3hTD et 8h TP).
- Dynamique et structure des populations (Master 2 – 3h TD).
- Biologie de l’invasion (Master 2 - 3h TD).
- Biodiversité (Licence 3 - 4h TD).
- Protection phytosanitaire (Master 1 – 24h TP).
- Ethologie (Licence 3 -16h TP).
- Diversité et évolution du vivant (Licence 1 - 56h TP).
- Classification du monde animal et du monde végétal (Licence 2-8h TP).
- Biologie évolutive (Licence 3 – 24h TP et 16h TD).
- Biologie des populations (Licence 3 - 8h TD).
- Expérience terrain Faune (Licence 3 - 45h TP).
- Ecologie (Licence 2 – 12h TP).
- Transition écologique (Licence 1 – 20h TD).
ENCADREMENT D’ETUDIANTS
- Mme Juliette Carpentier, stage Master 1 de deux mois (mai / juin 2021).
- Mr Mathieu Plateau, stage volontaire de deux mois (mai / juin 2022).
- Mr Clément Beaumont, stage volontaire d’un mois (juillet 2022).
- Mme Camille Meunier, stage de Master 1 de deux mois (janvier / février 2023).
Compétences
• BIOINFORMATIQUE
Programmation en Python, Modélisation de données et biostatistiques sous R, Analyse de données NGS, Métabarcoding, RNAseq, Bash, Clusters de calculs, Bases de données, Compréhension des problématiques biologiques et capacité à mettre en œuvre des solutions bioinformatiques pour y répondre.
• BIOLOGIE
Expérimentations sur insectes (abeilles et Cerambycidae), Techniques de piégeage d’insectes forestiers, Travail sur le terrain, Ecologie, Ethologie, Barcoding moléculaire, Extraction d’ADN, PCR, Microbiote, Génomique, Préparation de librairies de séquençage, Analyses statistiques avec R (modèles mixtes).
Communications
• CONGRES / COLLOQUES NATIONAUX
- Doctorales de la forêt (Du 4 au 5 avril 2023 à Blois (45)) - Présentation orale.
- Groupe des entomologistes Forestiers Francophones (GEFF du 26au 29 septembre 2022 à Lamotte-Beuvron (45)) - Présentation orale.
- Groupe des entomologistes Forestiers Francophones (GEFF du 28au 30 septembre 2021 à Arcachon (33)) - Présentation orale.
- Journées scientifiques annuelles 2020 - Présentation orale.
- Séminaire OCCIGEN (Du 17 au 18 juin 2025 à Castelnau-de-Montmirail (81)) – Présentation orale.
• CONGRES / COLLOQUES INTERNATIONAUX
- HOMED final annual meeting (12 au 14 septembre 2022 à Lisbonne, Portugal) – Présentation orale.
- International Union of Forest Research Organizations (IUFRO du 6 au 9 septembre 2022 à Lisbonne, Portugal) - Poster.
- XXVI International Congress of Entomology (ICE du 17 au 22 juillet 2022 à Helsinki, Finlande) - Présentation orale.
- Environmental and Agronomical Genomics Symposium (27 au 29 Octobre 2021 à Tours, France) - Poster.
- Webinar Invasive Forest Pests in Eurasia (IFOPE) du 12 octobre 2021 - Présentation orale.
